Me pagan con cuentas de cobro??

Buenas. Mi caso es que laboré en una empresa por 4 años, 9 meses cada periodo. En diciembre 2012 necesité una cirugía y la e. p. s Comfenalco no me atendió porque estaba fuera del sistema desde octubre, pero siempre realizaban la deducción y mi contrato era hasta 30 de marzo 2013, la cirugía fue urgente y particular, le envié a la empresa el valor de ella, como no había ninguna respuesta iba a colocar una demanda y hace un mes me llaman y me dicen que me van a pagar con cuentas de cobro, como si les hubiera realizado un trabajo independiente, pregunto: Es legal la propuesta? puedo firmar esas cuentas de cobro aun sabiendo que no he realizado ningún trabajo con la empresa, vale la pena aclarar que hay comentarios, que están en investigación por mal manejo de dineros.