Que debo hacer si fui despedido en estado de incapacidad

Dr. estaba trabajando en la empresa XXXXXX. y el patrono la liquidó, de allí me pasó a otra de él mismo. en la primera empresa alli por levantar mucha carga me comenzó a salir una masa en la espalda, pero como no fue repentino si no que empezo a crecer, fui tratado por medicina general, hasta el caso en que me dijeron que tenia que ser operado, me operé en Nov 16 de 2.014, y al llegar a laborar nuevamente, presentando la primera incapacidad me han despedido, pero como la herida aun no estaba cerrada, segui un mes mas de incapacitado.
En mi labor con esta nueva empresa, no fui del todo bien recibido, ya que llegué a competir como supervisor con 4 personas mas... era acoso laboral, tengo entendido que no me podian despedir en ese estado de incapacidad, ya que la ley me protege con 180 dias de salario por ese despido.
Adicional a esto, mi labor era en el horario de 5 00 am a 7 00 pm, y quiero que me ilustre si el cargo que desempeñaba como supervisor, daba para trabajar mas de las 48 horas semanales que segun el codigo sustantivo del trabajo indica.
Por otra parte, el contrato que tengo era a termino indefinido por valor de 1.500.000, pero solo me pagaban 1.000.000 por nomina y el resto por debajo de la mesa, en mi contrato que firmé expresa que si tuviera algun beneficio extra legal, no hará parte del salario, pero dice que debe quedar por escrito este acuerdo... pregunta: Me deben liquidar por 1.500.000?

Mil gracias doctor por su ayuda.